深圳市工商行政管理局是企業注冊設立的主管部門，同時也負責企業的注銷工作。當一個公司不再經營，或者其他原因需要注銷時，就需要按照一定的流程進行辦理。

首先，公司應當召開股東會或股東代表會議，通過決議解散企業，并委派清算組成員進行清算工作。此后，清算組成員應當依法召集債權人和債務人進行債務確認、清償和處理，編制清算方案并報批后實施。

接下來，清算組成員應到所屬稅務機關辦理稅務注銷手續，領取稅務注銷證明。清算組成員還需要到企業開戶銀行注銷企業銀行賬戶。企業應到所屬社會保險機構辦理社保注銷手續。

最后，持清算組成員的身份證明、稅務注銷證明、企業法人營業執照、開戶銀行注銷證明、注銷申請表等資料到深圳市工商行政管理局辦理企業注銷。

另外，如條件允許，可以委托相關服務機構代理辦理，這些服務機構包括律師事務所、會計師事務所等專業服務機構。

在進行注銷前，需要準備好企業的相關資料，包括《深圳市企業注銷申請表》、企業法人營業執照原件及復印件、稅務注銷證明原件及復印件、開戶銀行注銷證明原件及復印件、清算方案、法人身份證原件及復印件、注銷委托書（如委托代理注銷）以及其他相關證明文件（如社保、財務報表等）。

注銷公司需要一定的時間，一般需要2-5個月以上。注銷分為簡易注銷和一般注銷，簡易注銷是公司沒有任何異常，無稅務欠款，未開展經營活動，無債權債務的有限公司，可以走簡易注銷流程。一般注銷流程及時間就會相對長些，因為注銷需要公告期和多個部門的往返，如果注銷中某一步驟出現問題，就會延長注銷時間。

注銷公司的費用是在2000-5000左右，具體還是要看公司的情況，如果公司有異常的話費用會更貴點。不經營的公司一定要及時注銷，否則公司會被列入經營異常，法人也會受到影響。

總之，深圳企業的注銷流程比較繁瑣，但只有注銷掉不再運營的公司才能避免可能的糾紛和影響。企業應當及時咨詢相關專業服務機構，確保注銷順利進行。