在深圳市經營企業注銷是一項相對復雜的事項。企業注銷是指已經設立的企業在完成制定業務、清算債務、清理財產、完成稅務并獲得稅務部門的注銷憑證后，依法解散終止的過程。而在此過程中，企業需要注意的事項也比較多，其中一個比較重要的問題就是關于增值稅以及稅務處理方法。

首先，需要明確的是，企業注銷后仍然有可能存在還應當繳納的增值稅。在進行企業注銷前，企業應當進行預繳增值稅稅款，通過預繳稅款后需要依法逐步退還。企業注銷前未完成清繳的增值稅稅款，需要首先結清后方能辦理注銷手續。如果未繳齊的增值稅稅款難以結清，則需要企業與稅務機關進行協商處理，擬定增值稅補繳稅款的償還計劃。

在保證繳納完畢增值稅稅款后，企業還需要進行一些其他的稅務處理方法。首先，企業應將印章予以收回并將集中資金劃轉至法定代表人賬戶中，并注銷企業銀行賬戶。其次，企業還需要進行單位社會保險注銷。如果企業已經在稅務機關進行了稅務注銷，則企業可以將稅務機關所出具的稅務注銷證明一同提供給社會保險機構。最后，企業需要在工商行政管理部門進行企業注銷，并領取營業執照注銷證明。

企業注銷涉及的手續比較繁瑣，需要企業花費一定的時間和精力。因此，在辦理企業注銷時，企業可考慮委托相關的服務機構代理辦理，尤其是如會計師、律師等專業人士更具有權限和經驗，能夠給企業提供更加專業的注銷服務，在企業注銷過程中免去繁瑣步驟，節省時間和人力物力。同時，企業注銷需要的資料和費用也需要提前了解，預留充足的時間和經費是必要的。

總之，深圳市企業注銷需要考慮到增值稅以及稅務處理方法。為了確保注銷的順利進行，企業需要第一時間與稅務機關溝通，確保已繳納的增值稅稅款全額退回。同時，企業還需要注意其他稅務處理事項，如單位社會保險注銷、印章撤銷、銀行賬戶注銷等等，以確保企業注銷的全面合規。