雖然深圳市工商行政管理局已經盡力協助企業進行營業執照注銷，但在注銷過程中，企業可能會面臨與供應商的各種各樣的問題，如供應商未收到貨款、公司欠供應商貨款等。因此，企業應采取以下措施處理這些問題。

第一步：及時與供應商取得聯系

在公司正式注銷前，企業要與供應商保持聯系，告知注銷公司的具體事宜，并取得供應商的原則性同意。同時，對于欠供應商貨款的情況，企業也需要告知供應商還款事宜，并與其協商解決方案。

第二步：按時履行還款義務

即使公司注銷完成后，企業也必須按時履行與供應商之間的還款義務。如果有任何原因導致無法按時還款，應及時與供應商溝通，爭取達成解決方案。企業應始終保持和供應商之間的良好合作關系。

第三步：確保賬單清晰明了

企業應確保所有賬單清晰明了，包括發票、收據、合同等，以避免后續出現爭議。企業應妥善保管這些文件，并定期備份，以便日后查詢和使用。

第四步：與財務機構協商

企業應與財務機構協商制定詳細的支付計劃，以確保能夠按時履行還款義務。如果財務機構發現企業存在未清算的債務，應及時通知企業并制定合適的解決方案。

總的來說，企業注銷是一個復雜的工作，需要企業做好充分準備，與供應商、財務機構等有關單位協商配合，確保涉及的各方利益得到最大限度的保障。企業應始終保持與供應商之間的良好合作關系，這是建立一個長期合作伙伴關系的重要基礎。