當深圳企業注銷后，也不能忽視與供應商的合作關系。以下是處理與供應商的合作關系的一些建議：

1. 及早告知供應商：在企業決定注銷后，應及早通知供應商，并告知他們需要注意的事項。及時告知可以避免與供應商的信任危機，并保持良好的合作關系。

2. 做好賬務結算：與供應商的合作關系涉及到許多財務往來。企業應該對賬戶進行處理，把與供應商的財務往來結算清楚，避免造成雙方的經濟損失。當然，在注銷前，應先與供應商進行結算，或按照商定的時間進行結算。

3. 撤銷合同：注銷企業可能會影響未完成的合同，因此，應該即使取消與供應商簽訂的合同。為了避免糾紛和損失的發生，建議在撤銷合同時簽署協議。

4. 借助第三方中介：為了保持更好的供應商合作關系，企業可以借助第三方中介機構，例如代理機構或律師事務所，幫助加強與供應商的聯系和協商，解決任何可能涉及到的法律問題。

總之，企業在注銷后需要認真對待與供應商的合作關系。遵循法律規定，注銷公司及時告知供應商并妥善處理賬務，撤銷合同，并借助第三方中介機構等方法，能夠最大限度地降低損失，保持與供應商的好關系。