在深圳注銷代表人身份證被毀損的公司，就需要按照相應的步驟和流程辦理，以下是一些具體的操作細節：

首先，企業應召開股東會或者股東代表會議，通過決議解散企業，并委派清算組成員進行清算工作。清算組成員應當依法召集債權人和債務人進行債權債務的確認、清償和處理，編制清算方案并報批后實施。

接下來，清算組成員應到所屬稅務機關辦理稅務注銷手續，領取稅務注銷證明。然后，清算組成員應到企業開戶銀行注銷企業銀行賬戶。

持清算組成員的身份證明、稅務注銷證明、企業法人營業執照、開戶銀行注銷證明、注銷申請表等資料到深圳市工商行政管理局辦理企業注銷。企業應到所屬社會保險機構辦理社保注銷手續。

在具體的辦理過程中，企業需要準備相關的資料，如《深圳市企業注銷申請表》、企業法人營業執照原件及復印件、稅務注銷證明原件及復印件、開戶銀行注銷證明原件及復印件、清算方案、法人身份證原件及復印件、注銷委托書等。

關于注銷的費用，一般是在2000-5000元左右，具體還是要看公司的情況，如果公司有異常的話費用會更貴一些。而注銷的時間則需要2-5個月以上，具體時間因為注銷的具體流程而異。

總之，注銷公司雖然有一些繁瑣的流程和手續，但是也是非常必要的。因此，我們需要認真對待注銷過程中的每一個環節，保證流程的順利進行。如果有需要的話，可以委托相關服務機構代理辦理，并及時解決注銷所需的各種問題。