當一個深圳企業決定注銷時，公司管理者可能會擔心員工的合同和利益安排。在處理員工合同時，企業需要遵循相應的勞動法規，并且保障員工的權益。下面是一些企業注銷時如何處理員工的合同的建議：

1.通知員工：公司應該及時通知所有員工關于公司注銷的決定，并告知他們應該如何處理自己的個人文件和合同。

2.支付員工工資和福利：公司需要在注銷前完成所有員工工資和福利的結算，以確保員工在注銷后順利索賠。

3.終止員工合同：在注銷前，公司需要終止所有員工的工作合同，員工也需要簽署解除合同協議。

4.保護員工的權益：在注銷過程中，公司需要遵守相關法規法律規定，確保所有員工的權益受到保護。

5.注銷前與員工協商：企業應該在注銷前與員工協商，告知員工注銷后下一步的安排和建議。這有助于緩解員工不安和緊張的情緒，同時也能夠為員工提供更充分、更連貫的職業規劃。

6.盡早完成注銷：注銷公司可能需要一定時間來完成所有的流程和手續，在此期間，公司需要保持積極溝通，以確保員工順利解決問題。

總之，注銷一個深圳企業是一項繁瑣的工作，涉及到企業內部無數的細節。對于員工合同的處理，企業需要依據相關的規定來確定員工的權益，并盡早完成所有的手續和程序，最大限度地保護員工的利益。