深圳的企業往往是以注銷而不是注冊作為最終目標。但是，注銷不是一件簡單的事情，尤其是當企業涉及到國際業務時，注銷變得更加復雜。對于日本公司在深圳的注銷而言，除了以下各項通用的注銷流程外，還需要解決許多跨國法律、金融和人力資源的問題。

首先，注銷需要申請協議解除。如果該公司是合資企業或跨國公司的子公司，通常需要在協議中提及注銷條款或者在協議中有注銷程序的描述。如果有任何爭議，注銷還需要在當地的仲裁機構處理。因此，備注清楚合資協議內容，以持續保持這一流程的透明性和順利。

其次，日本公司在深圳的注銷還需要處理員工福利問題。因為日本公司在深圳可能擁有大量員工，注銷公司會涉及到這些員工的福利、薪水等問題。在最終注銷之前，企業需要妥善處理這些問題，確保員工能夠順利離開公司。同時，公司解散也需要向員工提供咨詢或資格轉移計劃等服務。

第三，注銷期間，公司需要向當地銀行、稅務局和其他機構注銷其賬戶和證書。需要通知和取得銀行、保理公司和供應商等相關合作機構的協調。

最后，注銷公司需要依據相關法律法規提交稅務和財務報表、停止相關交費和稅務申報。此外，注銷公司還需要在工商部門和地稅局申報注銷，依照相關程序進行登記公示，排除與其他股東之間的爭議，在相關政府機構維持企業名下賬戶的獨立性。

在注銷日本公司時，尤其需要注意當地的注銷法規，同時要注意稅務、財務、金融和人力資源等方面的問題。一旦決定注銷，公司需要妥善處理相關問題，避免耗費不必要的時間和金錢，確保公司能夠在最后注銷后整體離開深圳市場，以更好的方式組織、運營它的業務和資源。