深圳企業在注銷車輛保留手續時，需要注意的事項有很多。首先，注銷公司不是一件簡單的事情，需要按照一定的程序來進行。如果公司沒有經營，沒有流水，并且稅務正常，可以進行簡易注銷，但時間也不會短，至少要一個半月以上。對于一般情況下需要注銷的公司，注銷費用會比較高，需要承擔巨額稅款和罰款等成本。

其次，注銷公司的流程非常繁瑣復雜，需要來回多次去國稅局、地稅局、工商局、銀行等機構，提交資料和申請。整個公司注銷流程需要大約2個月至6個月不等，有時甚至需要一年才能完成。需要注意的是，企業需要整理好所有的賬簿、憑證和財務會計報表等資料，上傳國稅、地稅報表，并讓稅務局對企業的國稅風險進行排查。

另外，注銷公司的費用也會因為公司存在的問題而增加。例如，公司的租金發票長期未開具，沒有租賃合同，往年的低稅率等問題，都會導致注銷手續和成本的增加。如果不進行注銷，公司將會受到許多限制，例如被納入社會誠信管理體系、招標業務受限等等，法定代表人也會失去很多權利。

綜上所述，注銷深圳企業的車輛保留手續需要注意的事項很多。企業需要按照規定流程進行注銷，并準備好所有需要的資料和費用，以免被限制和受到不必要的罰款。