企業注銷是一項非常復雜的工作，不僅涉及到流程復雜、繁瑣繁重，還涉及到一系列的稅務問題，以及注銷不完全可能帶來的不良后果。在深圳市，南山科技公司注銷的情況也不少見，但注銷公司需要注意以下幾個問題。

首先是注銷公司的費用。一般來說，公司的規模越大、稅收越復雜、經營狀況越麻煩，注銷的費用也就越高，甚至可能動輒幾十萬元。所以，在決定注銷公司的時候，企業需要提前做好預算，并確保能夠承擔注銷費用。

其次是注銷公司的流程。整個公司注銷流程非常繁瑣，需要很多部門的協作，包括工商局、國稅局、地稅局等等。企業需要花費很多時間進行來回奔波，同時在各個部門提交不同的注銷資料。如果是地稅繳稅的企業，在注銷前需要先購買清稅證明，這個流程也是非常復雜的，需要企業花費很多精力去整理會計賬簿、憑證、稅務申報表等等，以避免稅務問題。

再次是注銷公司需要注意的問題。一般來說，注銷公司往往是因為企業出現了一些問題，而這些問題在注銷的過程中也可能會被發現。比如，如果企業的稅務申報出現異常納稅、偷稅漏稅等情況，那么注銷公司的成本會相應增加，甚至可能需要承擔巨額罰款。

最后是如果不注銷公司的后果。如果企業不進行合法的注銷，那么就可能會引發一系列的問題。比如，企業的法定代表人可能會失去養老保險權利，不能領取社保等相關福利；企業在稅務部門的登記會受到限制，個人欠稅的會計信息會公示；企業法定代表人可能會被禁止出境等等。

總之，注銷公司是一件非常復雜的事情，企業需要在進行公司注銷前充分了解注銷流程和注意事項，以確保順利完成注銷。與此同時，企業還需要做好預算和風險評估，以避免出現不良后果。