對于分公司不在深圳的企業來說，如何進行稅務申報，是一個很值得關注的問題。一般來說，企業可以選擇兩種方式來處理稅務申報問題。一種是自己在深圳注冊一家代表處，成為深圳納稅人，然后由該代表處進行代理記賬、申報稅款等。另一種是找當地的代理記賬公司進行代理申報。

對于小規模納稅人企業來說，建議選擇第二種方式，即尋找當地的代理記賬公司進行代理申報。這樣不僅可以避免在深圳注冊代表處的費用，而且也可以更好地了解當地的稅務政策和法規。此外，由于小規模納稅人企業的賬目較為簡單，一個會計可以處理多個企業的記賬和報稅事宜，因此費用相較一般納稅人企業會更加親民。

對于一般納稅人企業來說，由于其賬目較為復雜，需要進行專業的稅務策劃和申報，因此建議選擇當地的代理記賬公司進行代理申報。不過需要注意的是，代理記賬公司的費用會相對較高，需要權衡利弊再做選擇。

無論選擇哪種方式，都需要保留好公司收入的所有賬單，不能隨意付款或開白條，以及避免轉移公司資金。同時，在選擇代理記賬公司時，也需要注意其專業性和信譽度，確保能夠為企業提供高質量的服務，以避免被稅務機關處罰。

總之，對于分公司不在深圳的企業，保持公司運營穩定才是最重要的，因此在選擇稅務申報方式時需要考慮實際情況，權衡利弊，選擇適合自己的方式，并選擇專業的代理記賬公司進行合作。