總的來說，南山記賬代理的費用是根據企業類型、企業規模、服務需求等多方面綜合考慮的。在深圳注冊的小規模納稅人公司，只需要每年支付2200元的小額費用。而對于一般納稅人企業，代理記賬、會計報稅的收費一般在5000-6000元/年之間，如果還需要進行發票認證抵扣業務，每月費用1200元以上。如果需要稅務籌劃等高端服務，費用則更高，一般在1500-2000元/月之間。需要提醒的是，尋找記賬代理服務時，企業要確保該代理公司具備相關資質，以免在稅務監管方面出現問題。