經過調研和分析，東莞和深圳注冊公司各有優缺點，下面將詳細分析一下。

東莞注冊公司的優點：

1、政策紅利：東莞市政府出臺的一系列扶持政策為企業發展提供了支持，比如減免稅費、提供低息貸款等；

2、用工成本相對較低：東莞的人工成本相對于深圳來說要低一些，對于勞動密集型企業是一個優勢；

3、地段優越：東莞緊鄰深圳和香港，是連接內地和外地的重要節點，長期以來一直是華南制造業和貿易中心之一。

東莞注冊公司的缺點：

1、治安環境相對深圳較差：東莞屬于一個比較偏遠的城市，治安環境相對深圳較差，也容易招來安全隱患；

2、交通不便：雖然東莞的地理位置很好，但是市內的公共交通不太發達，很多地方需要走很長的路程或者打車；

3、行業單一：東莞以制造業為主，相對其他行業發展較少，對穩定性造成很大的影響。

深圳注冊公司的優點：

1、政策優勢：深圳市政府一直重視創新創業和科技發展，對于企業發展也提供很多支持和扶持政策，比如減免稅費、提供優惠貸款等；

2、便利的交通：深圳的公共交通非常便利，地鐵、公交等前往各處都很方便；

3、發展潛力大：深圳已經成為科技行業的重要中心，未來的發展前景看好。

深圳注冊公司的缺點：

1、用工成本較高：深圳的用工成本相對于東莞來說要高一些，對于勞動密集型企業來說是一個較大的負擔；

2、物價水平較高：深圳的物價水平相對較高，對于生活和經營成本都有一定的壓力；

3、政策執行不一：深圳雖然有很多扶持政策，但在執行上和實際效果上還存在一些問題，需要企業和政府共同協作。

總體而言，東莞和深圳注冊公司各有利弊，在選擇注冊地點時需要結合企業情況和發展規劃進行選擇。如果是制造業或者勞動密集型企業，可以選擇在東莞注冊；如果是科技類企業或者希望在交通便利、發展前景好的地方發展，可以選擇在深圳注冊。無論選擇哪個地方，要嚴格遵守相關法律法規，做好經營管理，爭取企業長期穩定發展。