在廣州注冊公司，但要在深圳經營，如何合法的去不同城市開展業務呢？這確實是一個比較復雜和困難的問題，如果不了解相關的政策法規和手續，可能會涉及到很多的風險和問題，例如稅務問題、違法經營等，所以在進行這樣的業務之前，最好要做好充分的準備和了解。

首先，如果想要在深圳經營業務，就需要在深圳注冊公司，這個流程并不是很復雜，只需要按照當地的相關法規和規定進行申請即可。

在深圳注冊公司所需要的手續和材料，大致如下：

1、申請公司名稱，并進行核名。

2、準備公司章程和法律文件，并進行審查和認證。

3、提交公司注冊申請，并按照相關的規定進行刻章和開戶等手續。

4、完成企業的稅務登記和營業執照申領等，然后就可以開始經營業務了。

但是，如果想要在廣州注冊公司，在深圳經營業務，那么需要了解兩個城市的相關政策和法規，并且需要進行跨地區的注冊和申請，這個過程可能會比單純在一個城市注冊和申請更加復雜和困難。

另外，需要注意的是，企業經營活動一旦涉及到跨地區經營，就需要考慮到稅務、財務等相關問題。企業在經營過程中要合法納稅，避免造成不必要的經濟損失和風險。所以，在進行這樣的業務之前，最好要向專業的律師、會計師等咨詢相關的政策和法規，以避免出現不必要的問題和風險。

總結起來，要在不同城市合法經營業務，首先需要了解各個城市的相關政策和法規，選擇合適的注冊方式和手續，并嚴格按照相關規定進行申請和落實。同時，要注意稅務、財務等相關問題，保證企業合法納稅，以避免不必要的風險。