深圳注冊公司數字證書是企業在互聯網上進行電子交易的憑證，其作用是保證交易的真實性、完整性和保密性，是企業在法律上具有有效電子簽名的證明。數字證書的申請流程并不復雜，企業可以通過注冊CA機構在線申請，或者到CA機構辦理申請，需要提交相關材料并支付相關費用。

除了數字證書，注冊公司還需要涉及一些其他費用，其中包括核名、商務掛靠地址、刻章、做賬報稅和銀行開戶等。核名是指企業在注冊前需要提供若干個備選名稱，經由工商部門核定后獲得使用權，這個過程是免費的。商務掛靠地址是指企業在注冊時需要提供的經營地址，對公司的信譽評估有一定作用，其費用為900元起/年。

刻章是企業注冊后，需要制作用于合同、發票等場合的專用章，這個過程是免費的。做賬報稅是指企業需要委托會計事務所代理做賬、納稅，在價格上各個公司有不同標準，小規模企業一年大約需要花費2000元，一般納稅人則需要花費5000-6000元。銀行開戶是企業注冊后，需要在銀行開立企業賬戶，手續繁瑣但是不收費，但代辦公司會收取跑腿費。

在申請注冊公司時，需要準備公司設立登記申請書、公司章程、法人和股東的資格證明或身份證復印件、代理人身份證復印件以及住所使用證明等相關材料。以上費用和材料只是注冊公司過程中涉及到的一部分，具體還需要考慮企業的業務規模、注冊類型等因素來決定是否需要額外涉及其他方面的費用和材料。